1、內涵不同：政府部門、行政單位是國家機關，而事業(yè)單位是實施政府某項公益服務的部門，是社會服務組織。

2、擔負的職責不同：政府部門、行政單位是負責對國家各項行政事務進行組織、管理和指揮;而事業(yè)單位是為了社會的公益目的從事教育、文化、衛(wèi)生、科技等活動。

3、編制和工資待遇的來源不同：國家部門、行政單位使用行政編制、由國家行政經費負擔。事業(yè)單位使用事業(yè)編制，由國家事業(yè)經費負擔。事業(yè)單位由全額撥款的，有部分撥款的，還有事業(yè)單位企業(yè)化管理的。行政單位人員的工資按《公務員法》由國家負擔，而事業(yè)單位則根據不同的管理模式實行不同的待遇。 行政單位或事業(yè)單位根據根據工作性質，也有具有行政事業(yè)編制的非公務員的人就職，一般是從事后勤保障的工勤人員，他們的待遇除職權不同外，收入和公務員完全一致。